生態工程凈化水質技術從 20 世紀 70 年代始成為一種先進的凈化水質理念。傳統水利基本上是依靠工程手段來治水的。而后來對于水質惡化多采用物理、化學的方法，這樣花費大且不能一次性解決問題。生態工程凈化水質則是將河流及所在流域的生物群落統一進行考慮及規劃。對江河與湖泊開發利用的同時，在達到防洪標準的條件下，盡可能地保留其天然形態，保留并恢復其多樣性，例如恢復濕地、淺灘和河灣等。

其目的是使受損生態系統的結構和功能恢復到正常的自然狀況。生態工程凈化水質技術有多種方法，按照工程措施可分為：生態河道、生態堤岸、人工濕地，按照生態工程的主導可分為：植物生態工程、微生物生態工程、動物生態工程以及植物微生物動物相結合的工程。

主要技術措施有、緩沖區工程、植被工程等技術。緩沖區修復是通過沉淀、過濾、凈化洪水中污染物以改善水質，達到凈化水體的目的;植被工程是利用植物生長過程需要吸收大量氮、磷作為營養物質合成自身物質的這一生理生化特性，對河流的流動、河岸抗沖刷強度、泥沙沉積等產生良性影響，達到穩定水質的作用;通過生態工程凈化水質技術，使得河流的水質得到凈化。

種植水生植物，特別是大型水生植物作為改善水質的一種高效低耗的方法日益受到人們的重視，近年來已成為環境領域的研究熱點之一，多種以大型水生植物為核心的生態工程技術被開發并應用到實際中來。

生態系統修復技術的應用可以使所在地野生動植物(包括水生和陸生植物、鳥類和魚類等動物)更好的棲息繁衍。對水體的生態凈化方法，即包括動物的吞食、吸收作用，植物對營養鹽等的吸收作用以及微生物的分解作用等，通過動植物及微生物的共同作用，以及水體中污染物質的遷移和轉化作用對水體進行生態修復。